Introdução a modelagem, docking e dinâmica molecular (Foco em Doenças Negligenciadas) 

Descrição:

Vivemos um momento de rápida expansão de estudos de bioinformática estrutural pelo aumento de confiabilidade dos dados obtidos decorrente de avanços em ramos como Inteligência Artificial. Um bom exemplo é a larga aceitação de modelos de proteínas feitas com AlphaFold que, quando comparados com estruturas resolvidas por RMN e difração de raio-x, têm tido ótimos resultados em avaliações de qualidade. Estudos envolvendo métodos de modelagem, docking e dinâmica molecular têm tido papel importante no Desenho Racional de Fármacos e compreensão do mecanismo de funcionamento de diversas proteínas.

Com isso em mente, o Conselho Estudantil Regional Brasileiro (RSG-Brazil), filiado ao Conselho Estudantil da Sociedade Internacional de Biologia Computacional (ISCB-SC), com o suporte da Sociedade Internacional de Biologia Computacional (ISCB), ofertam a comunidade o curso: Introdução a modelagem, docking e dinâmica molecular - Foco em Doenças Negligenciadas, como parte da programação do 7th Simpósio do Conselho Estudantil Regional Brasileiro em Biologia Computacional.

Ao centrar o tema do 7th BR-SCS e o Curso de Introdução a modelagem, docking e dinâmica molecular (Foco em Doenças Negligenciadas), justifica-se pelo impacto crítico que estas doenças têm na saúde das populações dos países tropicais e do terceiro mundo. As doenças negligenciadas, muitas vezes ignoradas, têm um efeito desproporcionalmente grave nestas regiões, especialmente entre as comunidades economicamente mais vulneráveis. Os principais fatores deste impacto desigual decorrem dos desafios da pobreza concentrada, levando a um acesso inadequado às necessidades básicas, como água potável, saneamento e habitação adequada.

Estas doenças são historicamente negligenciadas e marginalizadas no mundo em desenvolvimento. Como resultado, permaneceram desconsiderados nas discussões e intervenções globais de saúde. Devido à negligência geral, a mitigação das Doenças Negligenciadas tem sido um desafio, uma vez que a concretização de tais ações de saúde depende da tradução da pouca investigação básica em esforços práticos.

Ao centralizar o foco do 7th BR-SCS às doenças negligenciadas, buscamos nos alinhar a essas iniciativas promovendo palestras de pesquisadores de biologia computacional que possuem notável produção científica na área de doenças negligenciadas. Pretendemos contribuir para a formação de estudantes na área da bioinformática e promover a discussão deste tema emergente.

Para saber mais sobre o 7th BR-SCS, consulte o site: https://tinyurl.com/2nvehtvd

Nível:

Introdução 

Tipo:

Teórico e Pratico

Ministrante:

Vicente Pires (Ph.D Candidate) - Profissional com formação em Biomedicina (UNIRIO - 2017) e Mestrado em Biologia Molecular e Celular (UNIRIO - 2020) atualmente cursando Doutorado em Bioquímica (UFRJ). Possui ampla experiência em biologia computacional e estrutural com ênfase em modelagem molecular de proteínas e simulação de dinâmica molecular. Atualmente trabalha com análise computacional de protótipos a fármacos para tratamento da leishmaniose.

Dia 1 (15 de Novembro de 2023)

Manhã: Teoria de modelagem e docking (9h - 12h)

Tarde: Aula prática (14h -16h)

Modelagem (1h e 30 min)

• Forma/Função

• Forma depende de sequência

• Pra que modelar?

• Modelagem comparativa

• Modelagem ab initio e por threading

• Modelagem por contato

Docking (1h e 30 min)

• Panorama geral

• Ligante chave-fechadura -> Padrões Dinâmicos 

• Scores

• Física por trás do algoritimo

• Controle positivo (Redocking)

• Como analisar os resultados?

Prática com Modelagem (30 min)

• ColabFold (Alphafold)

• Pymol

Prática com Docking (1h e 30 min)

• DockThor

• Pymol

Dia 2 (16 de Novembro de 2023)

Manhã: Teoria da dinâmica molecular (9h - 12h)

Tarde: Aula prática (14h - 16h)

Dinâmica molecular (3 horas)

• Física Clássica

• Tempo de integração

• Campo de força

• Tipos de água

• Programas para uso

• Etapas gerais

Prática com Dinâmica Molecular (2 horas)

• Gromacs

• VMD

• Pymol