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Introdução ao Linux para bioinformática clínica
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Introdução ao Linux para bioinformática clínica
25 ago - 2020 • 19:00 > 27 ago - 2020 • 21:00
Introdução ao Linux para bioinformática clínica
25 ago - 2020 • 19:00 > 27 ago - 2020 • 21:00
Descrição do evento
Objetivo
Este minicurso tem como objetivo principal abordar de forma teórico-prática os conceitos e comandos básicos na utilização de um sistema Linux, visando capacitar os alunos a aplicar e analisar dados na prática bioinformática. Dessa forma, é um minicurso indicado para alunos que possuem conhecimentos básicos em biologia, porém, pouco ou nenhum conhecimento em comandos Linux usuais de bioinformática.
Ao final do curso, o aluno deverá ser capaz de compreender a estrutura de um sistema Linux, acesso remoto à servidores, comandos básicos de manipulação de arquivos e pastas, execução de comandos, edição de arquivos, termos e conceitos como arquivos FASTA/FASTQ, qualidade do sequenciamento de nova geração, alinhamento de sequências, pipeline de análises, entre outros.
Este curso não tem por objetivo a formação de um profissional totalmente apto a exercer as técnicas de bioinformática no dia-a-dia, pois entendemos que existem cursos mais avançados e com carga horária adequada ao desafio (cursos de especialização e pós-graduação, por exemplo). Não obstante, este curso visa capacitar os alunos como ponto de partida para estudos mais aprofundados de bioinformática e cursos práticos futuros, sendo o aluno capaz de transitar entre a área clínica e de bioinformática.
Público-alvo
O público alvo deste minicurso são alunos de graduação, profissionais da saúde em geral ou qualquer estudante que planeja seguir na área da bioinformática com pouco ou nenhum conhecimento de Linux. Entre estes, estão incluídos analistas de laboratório, aspirantes a bioinformatas, biomédicos, enfermeiros e médicos. Ao final do curso, estes profissionais devem ser capazes de entender conceitos básicos de linux para bioinformática, assim como relacioná-los com a aplicação em análise de dados.
Requisitos
- Máximo de 40 alunos;
- 01 computador/notebook para cada aluno com acesso a internet;
- Para sistema operacional Windows, ter o Putty instalado.
- Conhecimentos de biologia molecular e seus principais conceitos;
- Conhecimentos prévios de sequenciamento de nova geração são desejáveis;
Programa
O minicurso terá duração de 06 horas de aulas teóricas-expositivas com atividades práticas/demonstração em computadores. A programação será como segue:
DIA 1:
- 30m - Introdução à bioinformática e distribuições Linux
- 1h30min - Prática guiada: Acessando servidores e entendendo a estrutura do Linux
DIA 2:
- 2h - Prática guiada: Os primeiros comandos básicos
DIA 3:
- 2h - Prática guiada: Da manipulação de arquivos e pastas a execução de comandos e pipelines
Conteúdo
- Introdução à bioinformática e distribuições Linux
Nesse módulo, será apresentada uma breve introdução sobre a bioinformática, distribuições de sistemas operacionais baseados em Linux e a importância do conhecimento na utilização de Linux nessa área.
- Acessando servidores, entendendo a estrutura do Linux e os primeiros comandos básicos
Nesse módulo, o aluno irá acessar remotamente um servidor disponibilizado especificamente para o curso onde será apresentado ao ambiente Linux e irá executar seus primeiros comandos básicos no terminal.
- Da manipulação de arquivos e pastas a execução de comandos e pipelines
Nesse módulo final, o aluno irá praticar com dados reais de análises clínicas a manipulação de arquivos e pastas em ambiente linux, executar programas e manipular seus parâmetros, entender o conceito de pipelines de análises e criar exemplos práticos em linguagem bash.
Bibliografia
Machtelt Garrels (2008). Introduction to Linux: A Hands on Guide
Jason Cannon. 2015. Learn Linux in 5 Days.
Claverie, J.-M., & Notredame, C. (2007). Bioinformatics for dummies
Xiong, J. (2006). Essential Bioinformatics. Cambridge: Cambridge University Press. doi:10.1017/CBO9780511806087
Professor
Rafael Lucas Muniz Guedes, PhD, bioinformata no Hospital Albert Einstein, desenvolve e valida novas ferramentas de análises genéticas para dados de NGS. Graduado em Ciências Biológicas pelo Instituto de Ciências Biológicas, da Universidade Federal de Minas Gerais (UFMG), doutor em Bioinformática pela UFMG. Trabalhou no Laboratório de Bioinformática do Laboratório Nacional de Computação Científica (LNCC) como pós-doc em projetos de genomas e transcritomas. Trabalhou como Bioinformata/Pesquisador Senior no setor de Pesquisa e Desenvolvimento do Instituto Hermes Pardini, envolvido com o desenvolvimento e validação de exames genéticos.
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Varstation
A Varstation promove o crescimento da medicina personalizada, permitindo que profissionais, laboratórios, hospitais e centros de pesquisa gerenciem dados genéticos complexos e forneçam resultados precisos para diagnóstico e tratamento. A empresa foi criada em 2015 no laboratório de inovação do Hospital Israelita Albert Einstein e hoje atende clientes por todo o mundo.
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