Introdução à modelagem e docking molecular

Descrição do curso:

Docking é o estudo computacional de biomoléculas utilizado para simular o posicionamento de estruturas 3D de ligantes em receptores com base em modelagem computacional. Tais estudos são amplamente utilizados na descoberta de novos alvos e medicamentos, amplamente aplicados na medicina, tecnologia e inovação, promovendo insights sobre o reconhecimento molecular. Com base no desenvolvimento da área nos últimos anos, os avanços nos estudos simulados têm auxiliado na descoberta de novos alvos de medicamentos, incluindo o desenvolvimento da vacina COVID-19, fato que revolucionou o campo dos estudos simulados de estruturas proteicas. Neste curso, o Conselho Estudantil Regional Brasileiro (RSG-Brasil), afiliado ao Conselho Estudantil da Sociedade Internacional de Biologia Computacional (ISCB-SC), com o apoio da Sociedade Internacional de Biologia Computacional (ISCB), oferece à comunidade o curso: Introdução à modelagem e docking molecular

Proposta: 

Língua: Português-Brasileiro (PT-BR)

Nível: Introdução

Tipo: Teórico e prático

Professor:

Vicente Salgado Pires (Ph.D) - Profissional com graduação em Biomedicina (UNIRIO - 2017) e mestrado em Biologia Molecular e Celular (UNIRIO - 2020) e doutorado em Bioquímica (UFRJ - 2024). Possui vasta experiência em biologia computacional e estrutural com ênfase em modelagem molecular de proteínas e simulação de dinâmica molecular. Atualmente trabalha com análise computacional de protótipos de medicamentos para tratamento de leishmaniose.

Agenda: 

Dia 1 (17 de outubro de 2024) - Modelagem Molecular

Manhã: Modelagem (teórica) - 9h-12h - BRT(UTC-3)

Tarde: Aula prática 14h-16h - BRT(UTC-3)

Teórico 1

Assunto: Modelagem molecular

- Forma/Função

- A forma depende da sequência

- Por que modelo?

- Modelagem comparativa

- Modelagem ab-initio e threading

- Modelagem de contato

Prática 1

• ColabFold (Alphafold)

• Pymol

Dia 2 (18 de outubro de 2024) - Dinâmica

Manhã: Teoria da dinâmica molecular 9h-12h - BRT(UTC-3)

Tarde: Aula prática 14h-16h - BRT(UTC-3)

Teórico 2

Assunto: Docking molecular

- Visão geral

- Fichário com fechadura e chave -> Padrões Dinâmicos

- Pontuações

- Física por trás do algoritmo

- Controle positivo (Redocking)

- Como analisar os resultados?

Prática 2

• DockThor

• Pymol