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Linux Express: Introdução ao Linux para bioinformática

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Linux Express: Introdução ao Linux para bioinformática

10 nov - 2025 • 19:00 > 12 nov - 2025 • 21:00

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Descrição do evento

Estrutura do Curso

Módulo 0: Como tudo começou (Não considerar como módulo)

  • História do Linux

    • Criação do Unix

    • Criação do Linux (Linus Torvalds)

Módulo 1: Como viemos parar aqui (Primeiros passos)

  • Preparação do ambiente

    • Distribuições do linux

    • Instalação do sistema (Vamos trabalhar com Ubuntu em VM)

      • Padrao (Next, Next, Next)

      • Explicação das partições

        • /

        • /home

        • /var

        • /boot (e /boot/efi)

        • /tmp

  • Comandos/Conceitos:

    • Comandos básicos de orientação: pwd, ls, cd, whoami.

    • O sistema de arquivos: /, /home, caminhos absolutos vs. relativos. (Atentar com sistemas em português e inglês)

Módulo 2: A primeira batalha (Manipulação de Arquivos e Diretórios)

  • Comandos/Conceitos:

    • O que é o Shell (Bash)?

    • mkdir, cp, mv, rm.

    • Wildcards: * e ? para operar em múltiplos arquivos.

    • Busca avançada com find. Ex: find . -name "*.fasta".

Módulo 3: Como usar um canivete suiço (Inspeção e Busca em Arquivos Grandes)

  • Comandos/Conceitos:

    • less e more (o canivete suíço para visualização).

    • head, tail (e a opção -f para monitorar arquivos).

    • wc para contagens.

    • grep para buscar padrões.

    • gzip, gunzip para lidar com arquivos .gz.

    • Utilizando “ ; ” para combinar comandos

Módulo 4: Economizando tempo para a análise (Transformando Arquivos de Texto)

  • Comandos/Conceitos:

    • Pipes (|) para criar fluxos de trabalho.

    • cut para extrair colunas.

    • sort para ordenar (alfabeticamente, numericamente).

    • uniq para contar e remover duplicatas.


      Módulo 5: 1 é bom, 2 é demais… (Gerenciamento de usuários e arquivos)

      • Comandos/conceitos:

        • Conceito de sudo

          • sudo, sudo su

        • Conceito de gerenciamento de usuário

          • useradd, userdel, usermod, users

        • Conceito de gerenciamento de grupos

          • groupadd, groupdel, groupmod

        • Conceito de permissões

          • chown, chmod

Módulo 6: “Acontece nos melhores laboratórios” (Situações não muito atípicas no mundo computacional)

  • Comandos/conceitos

    • Problemas com armazenamento

      • Montagem de HD/SSD (mount e umount)

      • Formatação de HD/SSD (Por GUi e por mkfs.ext4)

      • Separação dos diretórios entre HD/SSD

      • Backup dos dados (rsync)

      • Inspeção do journalctl

    • Rastreabilidade dos dados - Inspeção do /logs

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Sobre o produtor

ISCB - Regional Student Group Brasil

A RSG-Brasil é uma organização estudantil afiliada à Sociedade Internacional de Biologia Computacional (ISCB), com o objetivo de desenvolver o campo de pesquisa em Bioinformática e Biologia Computacional no Brasil. Nosso grupo é formado por estudantes brasileiros que compartilham a paixão pelo campo da bioinformática e biologia computacional.

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