Programa Curso: Introdução à análises genômicas

POR FAVOR, LEIA A PROGRAMAÇÃO COM ATENÇÃO!

Objetivos: Apresentar aos participantes uma visão sobre os conceitos gerais do sequenciamento de nova geração e uma breve introdução às ferramentas de análise de dados genômicos para identificação e análise de SNPs e abordagem metagenômica.

Mentoria: Maria Imaculada Zucchi (APTA - IAC); Alessandro Alves Pereira (Unicamp); Matheus Sartori Moro (Unicamp); Igor Araujo Santos Carvalho (ESALQ); Carolina Grando (Universidad Nacional de San Cristóbal de Huamanga).

Data: 26, 27 e 28 de janeiro de 2022 (das 9h00-12h e 14h-17h)

Estrutura do curso: Aulas teóricas introdutórias abordando os principais conceitos. Aulas práticas comentadas consistindo da demonstração de utilização dos programas computacionais. Por causa da pandemia, no momento as aulas serão ministradas somente de forma remota.

* A programação poderá ser alterada sem aviso prévio.

1. Introdução ao SNG/Genômica de populações (Aula teórica - MIZ, IASC)

   
   

1.1 Prática arquivos SNG (visualização e explicação dos formatos fastq, fasta, sam/bam, vcf) (Aula prática - AAP)

1.2 Prática controle de qualidade (FastqC) (Aula prática - AAP)

1.3 Identificação de marcadores espécies não modelo (Stacks) (Aula teórica/prática - AAP)

1.4 Análises R (vcfR, adegenet e hierfstat) (Aula prática - AAP)

read.vcfR, genetic_diff, vcfR2genind, dudi.pca, s.class, genind2hierfstat, nb.alleles, basic.stats, boxplot (nA, Ho, Hs, Fis), pairwise.WCfst

1.5 Identificação de marcadores espécies não modelo (Ipyrad) (Aula teorica/prática - CG)

2. Metagenômica parcial - 16S (Aula teórica/prática - MSM)

   
   

2.1 Introdução - 16S: das sequências aos gráficos

2.2 Obtenção das tabelas ASV a partir das sequências (DADA2)

Filtragem dos dados e acessar a taxonomia

2.3 Análises básicas de ecologia microbiana (Pacote Phyloseq e Microbiome)

Normalização, Diversidade alfa (Número de ASVs observadas, Chao1, Shannon), Diversidade beta (NMDS e PCoA), Abundância relativa e Heatmap

Dia 1 - manhã: Tópicos 1.1 e 1.2; tarde: Tópico 1.3

Dia 2 - manhã: Tópico 1.4; tarde: Tópico 1.5

Dia 3 - manhã: Tópico 2

Apoio: Grupo de Genética e Genômica da Conservação (GGGC)